بارزترین تجلی گاه معنویت و هویت متعالی انسانی را می توان در لایه های پنهانی هنر قدسی و اوج شکوفایی هنر معماری مقدس اسلامی در ساخت مساجد جستجو کرد، در این بین به نظر می رسد مساجدی که در دوران طلایی قدرت معنوی ، مالی و سیاسی شیعیان در این سرزمین شکل گرفته اند، واجد هویت معنوی ویژه ای بودند. با تشکیل دولت صفوی در اوایل قرن دهم هجری و اعلام تشیع اثنی عشری به عنوان مذهب رسمی ، ایران بعد از قرن ها هویت ملی و سیاسی خود را بازیافت از این رو مذهب شیعه به تدریج در روح و جان ایرانیان نفوذ کرد؛ روح هنرمندان و معماران ایرانی به تشیع روشن گردید، لذا دست به آفرینش فضاهایی زد که از روح و ماهیت تشیع سرشار بود. معماری مسجد به عنوان محمل بروز چنین عقایدی از ظرایفی در طراحی برخوردار گشت که در دوره صفویه و پس از آن قاجار به نهایت غایت و تکامل خویش دست یافت و در دوره قاجاریه شیوه جدیدی در معماری ایجاد شد و معماران این زمان نیز دنباله رو معماران صفویه بودند. در این پژوهش سعی بر آن بوده است تا با مقایسه معماری دوره صفویه و یک دوره بعد از آن (قاجاریه) به بررسی اصول، مبانی و الگوهای قدیم معماری ایران و نوآوری هایی که از نظر فضا در این دوران به وجود آمده ، پرداخته شود. هرچند، به نظر می رسد، معماری دوره قاجار قوت لازم خلق یک معماری نوین را نداشته است. از این رو در این پژوهش دو شاهکار هنر و معماری اسلامی و شیعی این سرزمین ، یعنی مسجد امام اصفهان و مسجد شهید مطهری تهران، با باز شناخت اصول قدسی حاکم بر طراحی مساجد شیعی بررسی تطبیقی شده است. بر اساس نتایج تحقیق می توان تفاوت و به نوعی تکامل دوران صفویه تا قاجاریه را در عواملی چون طرح، فضا، نقوش جملات بکار رفته در کتیبه ها، رنگ های استفاده شده در تزئینات و مناره ها جست و جو کرد.