هدف اصلی قطب، تحقیق در ابعاد مختلف دولت صفوی و فرهنگ و تمدن شیعی است. این برنامه به استناد به نیازمندی های فرهنگی علمی جامعه به منظور اعتلای موقعیت علمی کشور و رمزگشایی از آموزه های فرهنگی و تمدنی شیعی است که در زمان دولت صفویه به اوج خود رسیده است. این برنامه ضمن کمک به دستیابی به آخرین یافته های علمی در این زمینه و فراهم کردن شرایط لازم برای تربیت پژوهشگران و دانشمندان متخصص در این حوزه، پاسخگوی بسیاری از شبهات و برطرف کننده بسیاری از نیازهای فرهنگی در جمهوری اسلامی ایران است. در شرایطی که فرهنگ ناب شیعی به برکت نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران احیاء و در جهان بحران زده ی فرهنگی، راهی نو فراسوی بشریت قرارداده است؛ این برنامه می تواند در راستای برنامه های فرهنگی سند چشم انداز بیست ساله بستر مناسبی را فراهم و افق های جدیدی را بگشاید.
این هدف کلی را می توان به اهداف جزئی تر از جمله:
• تحقیق در روند رشد تشیع در ایران قرن هشتم و نهم هجری
• بررسی و تحلیل تاریخ تشیع در ایران عصر صفوی
• بررسی و تحلیل شکل گیری فرهنگ شیعی در عصر صفوی
• بررسی آثار تمدنی و فراز و فرودهای مکتب های علمی، فرهنگی و صنایع دوره صفوی
• انجام مطالعات تطبیقی در حوزه صفوی شناسی
تقسیم کرد که این کار در چند مرحله انجام خواهد گرفت. از میان این اهداف، سه هدف مهم برای یک دوره پنج ساله در نظر گرفته شده است:
1- بررسی و تحلیل مبانی موضوعات تاریخ تشیع در عصر صفوی
2- مطالعه تطبیقی صفوی شناسی با تأکید بر نظریات جدید
3- تصحیح متون تاریخی ـ دینی در حوزه صفوی شناسی و تاریخ دینی عصر صفوی
انجام این تحقیقات برای دستیابی به اهداف سه گانه فوق موجب می شود جنبه های دیگری بدین شرح حاصل شود:
الف- رشد و گسترش فعالیت های تحقیق گروهی در علوم انسانی
ب- ساماندهی تحقیقات علمی اعضای هیئت علمی به ویژه در حوزه صفوی شناسی
ج- آشنایی دانشجویان تحصیلات تکمیلی با شیوه های تحقیق و پژوهش جهت تربیت آن ها به عنوان مجموعه ای از نیروهای متخصص در حوزه تحقیقات تاریخی
د- بازنگری در مبانی روش های تحقیق در تاریخ و معرفی روش های نوین
ه- جمع آوری مجموعه ای از متون تاریخی دست اول و نسخ خطی در یک مرکز تخصصی که زمینه ساز تحقیقات و فعالیت های علمی دیگر خواهد شد.